组分 | 40 RXN (50 μL体系/ RXN) | 200 RXN (50 μL体系/ RXN) |
Truepol 2X PCR Mix for Microbiome | 1 mL | 1 mL X 5 |
Q1:循环数及投入量是否可以进行?
A1.说明书中建议的投入量及循环数是基于测试结果(详见Q4),但是由于次产品的样本兼容性较广,不同样本的投入量是可以进行优化的,同时由于客户的抽提部分的效果是未知的,所以如果优化投入量可以达到最优效果。对于样本含量较低的样本可以通过提高循环数或提高投入量来解决扩增效率,对于抑制剂较高的样本,可以通过稀释后再投入进行扩增,放置抑制剂太多,影响扩增。对于循环数,不建议使用超过30个以上的循环,因为可能导致非特异性扩增,增加了假阳性的可能。
Q2:引物量及反应体系是否可以调整?
A2.引物投入量和反应体系是可以进行调整的,说明书中推荐的引物投入量及反应体系是最佳的,可以减少引物量进行优化。反应体系减半,相应的引物量及2X PCR Mix也进行减半。
Q3:RK20725 PCR Enhancer for Microbiome的使用原则是什么?
A3.对于扩增特异性不好的样本扩增,可添加RK20725 PCR Enhancer for Microbiome进行优化,有助于特异性的增加,同时对于组织类样本的扩增,有明显的作用。建议的投入量为每50μL的反应体系,投入RK20725 PCR Enhancer for Microbiome 约2.5-5μL。
Q4:几类样本的实验方案推荐和建议?
1. 粪便类样本和土壤类样本
粪便类样本及土壤类样本提取核酸包含抑制剂较多,容易抑制扩增反应,导致扩增效果不佳甚至失败。一般建议如下:
1.1 50µL反应体系,粪便及土壤DNA直投1-2µL,循环数25-30个;如果反应体系减少,可相应减少投入量;
1.2 若扩增失败,根据提取DNA胶图及扩增失败的胶图进行分析,若提取DNA胶图上显示的DNA含量较低,可增加投入量;若扩增胶图上无目的条带,同时无任何条带,可减少投入量进行优化尝试;若扩增胶图上无明显条带,但是有明显的弥散带,可选择降低投入量或者稀释DNA 2-4倍后,投入2-4µL进行扩增优化;
1.3 每个试剂盒提取DNA的质量有所不同,因此应当根据实际情况进行投入量优化,选择最佳方案进行多样本扩增。
2. 全血液样本
全血液样本的抑制剂较多且提取的DNA含量及质量较低,容易造成扩增效果不佳甚至无扩增。一般建议如下:
2.1 50µL反应体系,血液DNA直投1-2µL,循环数25-30个;如果反应体系减少,可相应减少投入量;
2.2 若扩增失败,可以进行投入量优化,减少投入量1倍,增加投入量1倍,或稀释2倍投入2-4µL测试优化;
2.3 若扩增失败,且胶图有弥散条带,可以选择用RK20725 PCR Enhancer for Microbiome进行特异性扩增目的条带测试;
3. 组织样本
组织样本提取会有大量宿主DNA的存在,微生物的DNA提取量较少,且宿主DNA会直接影响扩增结果,故建议如下:
3.1 50μL反应体系,组织样本DNA直投2-4µL,循环数25-30个;如果反应体系减少,可相应减少投入量;
3.2 若扩增失败,有明显的弥散条带,可以选择用RK20725 PCR Enhancer for Microbiome进行特异性扩增目的条带测试;
3.3 若扩增失败,可以考虑增加投入量,并使用RK20725 PCR Enhancer for Microbiome进行特异性扩增目的条带测试;
4. 其他样本
4.1 建议参考反应体系,初步的测试投入量1-2μL,循环数25-30个;如果反应体系减少,可相应减少投入量;
4.2 若存在扩增失败或效果不佳,需要对投入量和循环数进行优化测试;
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