2018 ABclonal年度代表性引用文献

by on February 28,2019

聚焦

转眼农历年关将至,ABclonal也在这即将辞旧迎新的时刻进行了系列总结,为了感谢广大新老用户与合作伙伴的关心与支持,小编将这一年来收录的ABclonal引用文献进行了相关盘点,将不同领域代表性成果或者新方法进行了概括,以供科研工作者参考。下面让我们来一起回顾下这些代表性文献。

1. E. coli竟能帮助人类更好地治疗缺铁性贫血

科罗拉多大学韩珉教授课题组

Microbial Siderophore Enterobactin Promotes Mitochondrial Iron Uptake and Development of the Host via Interaction with ATP Synthase

基本信息

物种:人
发表文献:Cell
抗体应用:IF
Pubmed ID: 30146159

ABclonal产品:ATP5B(货号A5769)

韩珉教授课题组以秀丽隐杆线虫(这种模式生物体内富含大肠杆菌)为起始研究对象,当幼年线虫被喂食经过工程改造不能生产肠菌素(enterobactin)的大肠杆菌后,它们生长缓慢并且体内铁含量比较低。当将肠杆菌素重新导入这些线虫时,它们恢复自然的生长速度,而且体内的铁含量升高。进一步研究证明,在给人类细胞和线虫补充肠菌素后,甚至不用补铁,也能显著提高细胞中的铁水平。这项新的研究提出肠杆菌素结合到一种位于宿主线粒体内部的被称作ATP合酶(ATP synthase)的蛋白上,从而将铁吸入到宿主细胞中。

★ 推荐理由:这项研究确定了E. coli的一个关键作用—帮助细胞吸收铁,最终可能帮助人类更好地治疗缺铁性贫血,因为全球至少10亿人每天都不得不面对这种疾病。

2. LSD1—抗肿瘤免疫与治疗新靶点

哈佛医学院施扬课题组与Arlene Sharpe课题组

LSD1 Ablation Stimulates Anti-tumor Immunity and Enables Checkpoint Blockade

基本信息

发表文献:Cell
Pubmed ID: 29937226

ABclonal合作技术:AGO2 K726me0/1/2多肽合成

施扬课题组研究人员发现人源肿瘤细胞中LSD1(组蛋白去甲基酶)的抑制增加ERV(内源性逆转录病毒元件)表达,并降低RISC(RNA诱导沉默复合物)关键组分如DICER,AGO2等的表达,进而导致dsRNA(双链RNA)表达升高和1型干扰素的激活,其刺激抗肿瘤T细胞免疫,并抑制肿瘤生长。此外,在小鼠肿瘤细胞中进一步证实了LSD1的抑制增强了肿瘤免疫原性和T细胞在低免疫原性肿瘤中的浸润,并引起检查点阻断-难治性小鼠黑素瘤对于抗PD-1疗法的显着反应。TCGA癌症数据库同样显示,LSD1的表达与IFN抗病毒效应及CD8 T细胞的浸润呈现负相关效应,这也与小鼠模型中的检验结果相一致。

★ 推荐理由:LSD1的抑制可增强肿瘤的免疫原性并促使T细胞浸润,激活抗肿瘤的T细胞免疫,并可作为靶点配合抗PD-1免疫疗法进行肿瘤治疗。为肿瘤的发生发展与肿瘤免疫的相互作用提供了研究思路,也为免疫治疗与预后提示了新型作用靶点与综合治疗手段应用的可能。

3. 全新基因huluwa (葫芦娃)建奇功—动物体轴形成科学难题终解开

清华大学孟安明课题组与陶庆华课题组

Maternal Huluwa dictates the embryonic body axis through β-catenin in vertebrates

基本信息

物种:人/小鼠/斑马鱼
发表文献:Science
抗体应用: WB
Pubmed ID: 30467143

ABclonal产品:HIS(货号AE003)、ACTB(货号AC026)

孟安明院士课题组发现了一种斑马鱼突变体,通过基因定位研究找到了一个从未有功能报导和命名的基因huluwa(葫芦娃)。研究者将体外合成的huluwa的mRNA注射到多细胞期胚胎的一个细胞中,可以高效地诱导出一个额外的组织中心,进而形成一个额外的躯体。陶庆华教授课题组在爪蟾中证明huluwa具有相同的功能。进一步研究发现,早期胚胎中Huluwa蛋白定位在未来背部区域细胞的质膜上,它招募轴蛋白(Axin)后者是与β-catenin结合并导致其降解的关键蛋白。与Huluwa结合的轴蛋白将被降解,从而保护β-catenin不被降解而可以转运到细胞核中发挥作用。因此,Huluwa是发育生物学家长久以来苦苦追寻的一个胚胎背部决定因子。孟安明课题组与陶庆华课题组合作报道的这种不依赖于Wnt信号通路诱导组织中心形成的机制,对背腹决定这一古老而又重要的发育生物学问题提供了一种全新的理解,对现有教科书中的经典模型提出了挑战。

★ 推荐理由:首次报道了母源基因huluwa在脊椎动物胚胎背部组织中心及体轴形成中的决定性作用,该研究成果是胚胎发育生物学领域的重大进展。

4. 水稻“增产减肥”,开启农业新一轮“绿色革命

中国科学院遗传与发育所傅向东课题组

Modulating plant growth–metabolism coordination for sustainable agriculture

基本信息

物种:水稻
发表文献:Nature
抗体应用:WB
Pubmed ID: 30111841

ABclonal合作技术:SLR1蛋白表达及抗体定制

傅向东课题组研究人员发现了一个新的植物碳-氮代谢的正调控因子GRF4,可以促进氮素吸收、同化和转运途径,以及光合作用、糖类物质代谢和转运等,进而促进植物生长发育。这项研究不仅阐明了GRF4作用的具体分子机制,提出了相对平衡的GRF4-DELLA互作模型。研究还发现了一个新型的优异等位基因GRF4ngr2,将这个等位变异位点导入当前高产主栽水稻和小麦品种后,不仅提高其氮肥利用效率,同时还可保持其优良的半矮化和高产特性,最终导致水稻和小麦在适当减少施氮肥条件下获得更高的产量,为“食品安全”与“绿色革命”的可持续发展提供了新的育种策略。值得一提的是,Nature在“News and Views”栏目配发了题为A new green revolution on the horizon 的评论文章,高度评价了该研究,认为该研究成果对可持续农业具有重要意义。

★ 推荐理由:该研究成果进一步加深我们对于植物生长与代谢协同调控机制的认识,找到了一条在保证粮食总产量不断提高的同时,提高氮肥利用效率,降低生产投入成本,减少对环境造成的污染的可持续发展农业新途径。

5. Stella—被遗忘的卵母细胞独特表观遗传学组的“守护者”

中科院生物物理所朱冰课题组

Stella safeguards the oocyte methylome by preventing de novo methylation mediated by DNMT1

基本信息

物种:小鼠
发表文献:Nature
抗体应用:WB IF
Pubmed ID: 30487604

ABclonal合作技术:DNMT1蛋白表达及抗体定制

朱冰课题组发现了卵细胞基因组DNA甲基化水平正常建立的首个保障因子Stella。通过更加科学严谨的DNA甲基化检测技术(RRBS、UHPLC-MS/MS),充分证明Stella敲除的受精卵具有更高程度的DNA甲基化水平;并通过生化及遗传学证据表明Stella能够通过调控UHRF1蛋白的亚细胞定位从而负调控DNMT1的起始性DNA甲基转移酶活性。这篇文章揭示了Stella能够保护卵母细胞基因组免受异常高甲基化修饰,从而有利于ZGA(合子基因组激活)及早期胚胎发育。特别值得一提的是,该研究首次在体内证实了DNMT1可以作为起始性DNA甲基化转移酶,打破了教科书里关于DNMT1只是维持性DNA甲基化转移酶的论断,改写了教科书对DNA甲基化酶的分类。

★ 推荐理由:本研究一方面对卵子发生过程中DNA甲基化模式建立的机制有了重要的发现,另一方面对DNMT1同时具有从头甲基化与维持甲基化的活性的生物化学机制提供了重要的遗传学证据。

6. “正义与邪恶”并存的cGAS

同济大学戈宝学/毛志勇课题组

Nuclear cGAS suppresses DNA repair and promotes tumorigenesis

基本信息

物种:人/小鼠
发表文献:Nature
抗体应用:WB
Pubmed ID: 30356214

ABclonal合作技术:cGAS-Y215磷酸化抗体定制

cGAS,名为环鸟腺苷酸合成酶(cyclic GMP-AMP synthase),是DNA识别受体,由美国著名华人学者陈志坚教授首次鉴定发现,在DNA识别和固有免疫领域具有里程碑意义。一直以来这个人体内的合成酶顶着“正义”的光环,能促进I型干扰素和免疫因子产生,能抗感染、激活免疫应答。直至最近其“邪恶”的面纱才被揭开,同济大学戈宝学与毛志勇课题组研究发现,DNA识别受体cGAS在细胞发生DNA损伤时可转位入核,并被招募至DNA损伤位点,通过干扰PAPR1/Timeless复合体形成,抑制DNA同源重组修复,进而降低基因组的稳定性并促进肿瘤的发生。

★ 推荐理由:该工作首次系统阐释了cGAS完全独立于DNA识别功能的细胞核内的全新功能,同时,为基于干预cGAS入核开发新型抗肿瘤药物提供了理论基础。

7. 造血干祖细胞归巢世界难题终解决

中国科学院上海营养与健康研究院潘巍峻课题组

VCAM-1+ macrophages guide the homing of HSPCs to a vascular niche

基本信息

物种:斑马鱼
发表文献:Nature
抗体应用:IF
Pubmed ID: 30455424

ABclonal合作技术:VCAM-1蛋白表达及抗体定制

潘巍峻课题组在国际上率先采用可变色荧光蛋白建立了造血干细胞标记系统,在高分辨率共聚焦荧光显微镜下,建立了造血干细胞和祖细胞(简称HSPCs)长时程活体观察追踪方案,从宏观到微观,生动地呈现了斑马鱼尾部造血组织(CHT,相当于哺乳动物的胎肝)中HSPCs归巢记录的全过程。研究人员发现,HSPCs倾向于停留在静脉毛细血管的“热点”处,即与尾静脉从相连的静脉毛细血管汇合点。进一步研究表明,静脉丛内表面游走的VCAM-1+巨噬细胞以ITGA4依赖的方式与HSPCs相互作用,直接导致HSPCs滞留。同时,研究人员还发现了一种全新的微环境细胞,将其命名为“先导细胞”。这类细胞是一种之前未被定义过的巨噬细胞新亚型,存在于归巢“热点区域”附近,它们可以识别进入造血组织的造血干细胞并将其引入特定的血管结构中,从而实现造血干细胞的归巢。

★ 推荐理由:该研究开发了一套全新的可以完整解析体内造血干细胞归巢全过程的研究体系,是由中国科学家独立完成的原创性科学发现。该研究不仅解答了“体内的造血干细胞归巢如何发生”这一世界造血干细胞研究领域的重大科学难题,同时发现了对于造血干细胞归巢起关键引导作用的“先导细胞”,为提高造血干细胞移植效率的转化研究提出了新思路。

8. ABA诱导植物抗逆性作用机制

南京农业大学蒋明义课题组

Abscisic acid inhibits rice protein phosphatase PP45 via H2O2 and relieves repression of the Ca2+/CaM-dependent protein kinase DMI3

基本信息

物种:水稻
发表文献:Plant Cell
抗体应用:WB IP
Pubmed ID: 30538152

ABclonal合作技术:DMI3、PP45和DMI3T263(p)抗体定制

蒋明义课题组研究人员通过酵母双杂筛选找到一个OsDMI3的互作蛋白—蛋白磷酸酶OsPP45。研究结果显示,ABA(植物激素脱落酸)信号转导中,OsPP45 作用于OsDMI3 的Thr263位点,负调节OsDMI3 自磷酸化活性,抑制OsDMI3与CaM结合,进而去磷酸化OsDMI3。进一步研究发现ABA一方面降低OsPP45的基因表达,从而使OsPP45蛋白含量降低,更重要的一方面是ABA诱导产生H2O2,H2O2作用于OsPP45的Cys350和Cys428,使其形成分子间二硫键,导致OsPP45形成二聚体而失活。失活的OsPP45释放OsDMI3,使OsDMI3自磷酸化,自磷酸化的OsDMI3结合CaM磷酸化底物从而转导传递ABA信号,进而揭示ABA 信号转导中一条新的OsDMI3 活化途径。

★ 推荐理由:有助于人们拓展对植物细胞参与抗逆反应的认识,以及对逆境下ABA信号转导机理的理解,而且对于利用分子生物学手段提高作物的耐逆性具有重要的指导意义。

9. “线粒体闪烁”介导表观遗传打开细胞的“命运之门”

中国科学院广州生物医药与健康研究院刘兴国课题组

Short-Term Mitochondrial Permeability Transition Pore Opening Modulates Histone Lysine Methylation at the Early Phase of Somatic Cell Reprogramming

基本信息

物种:小鼠
发表文献:Cell Metablisim
抗体应用: WB
Pubmed ID: 30174306

ABclonal产品:H3K9me1(货号A5769)、H3K9me3(货号A2360)、KDM1A(货号A1156)、KDM3A(货号A2322)、KDM3B(货号A2312)

体细胞重编程技术不仅极大推动了再生医学的发展,也为细胞命运决定的机理研究提供了一个理想的模型。刘兴国课题组通过这一模型利用钙黄绿素/钴技术实时观测了线粒体通透转换孔的开放程度,惊奇地发现在Yamanaka因子加入体细胞的早期,该孔道开放性骤然升高,随后迅速降低。这一高开放性是缘于瞬时开放的“线粒体闪烁”(亦称线粒体通透转换孔的瞬时开放)频率的骤增,有利于体细胞重编程为诱导多能干细胞。系统性的组蛋白甲基化检测发现“线粒体闪烁”能特异导致H3K9me2和H3K27me3(重编程的两大障碍)发生明显的去甲基化,并且降低两者对多能性基因的结合。进一步的机制研究表明,“线粒体闪烁”通过量和质的双重通路调控H3K9me2和H3K27me3的甲基化水平:一是通过miR-101c促进组蛋白去甲基化酶PHF8的表达;二是提高组蛋白甲基化的附基—alpha-酮戊二酸的量。

★ 推荐理由:该研究首次揭示线粒体的通透转换孔的激活,特异打开细胞核重编程的组蛋白甲基化障碍。这一发现是线粒体信号调控细胞核表观遗传的一个全新模式,在细胞转化与个体发育中均可能发挥重要作用,而且为细胞命运转换的技术开发提供了新的思路。

10. 分子生物钟调控mTORC1信号通路大揭秘

复旦大学基础医学院刘浥课题组

The Circadian Protein Period2 Suppresses mTORC1 Activity via Recruiting Tsc1 to mTORC1 Complex

基本信息

物种:人/小鼠
发表文献:Cell Metablisim
抗体应用: WB IP
Pubmed ID: 30527742

ABclonal产品:S6k(货号A2190)、Per2(货号A3217)

刘浥课题组研究发现核心节律蛋白Per2能够特异性地与mTORC1发生结合,并作为支架蛋白招募Tsc1到mTORC1,从而特异性地抑制mTORC1的活性。而且,Per2对mTORC1的抑制作用以及mTORC1的振荡规律均取决于Tsc1与mTOR二者的互作强度,且不依赖经典的Tsc1/Tsc2-Rheb通路来实现。研究人员进一步通过嘌呤霉素摄取实验,细胞增殖实验(MTT),免疫荧光以及透射电镜等技术手段,发现Per2缺失能够显著增强蛋白合成与细胞增殖,并强烈抑制体内与体外的自噬过程。此外,在饥饿条件下胰高血糖素-Creb/Crtc2信号流能够诱导Per2的表达,从而发挥对mTORC1信号通路的抑制作用。而由于Per2与Crtc2的缺失所导致的mTORC1的激活效应可通过过表达Per2补偿性逆转。

★ 推荐理由:阐明了分子生物钟调控mTORC1信号通路的具体机制,提出了Per2发挥抑癌作用的新机制,同时也为治疗癌症以及其他由于mTOR信号紊乱而发生的疾病提供新思路。

11. 全新的锌指蛋白ZCCHC3触发抗病毒天然免疫反应

武汉大学医学研究院舒红兵课题组

The Zinc-Finger Protein ZCCHC3 Binds RNA and Facilitates Viral RNA Sensing and Activation of the RIG-I-like Receptors

基本信息

物种:人/小鼠
发表文献:Immunity
抗体应用:WB
Pubmed ID: 30193849

ABclonal产品:TRIM25(货号A12938)

舒红兵课题组通过报告基因实验筛选了近10000个独立的人源cDNA克隆,并鉴定了一个候选蛋白——CCHC型锌指蛋白ZCCHC3。ZCCHC3的过表达显著增强了SeV诱导的ISRE、NF-kB和IFN-β启动子的激活,而ZCCHC3的敲低则有相反的效果。在小鼠里面将ZCCHC3基因敲掉以后,在多种成纤维细胞和免疫细胞中抑制了RNA病毒诱导的下游抗病毒基因的转录,使得缺陷鼠对VSV(Vesicular Stomatitis Virus,水疱性口炎病毒)和EMCV(encephalomyocarditis virus,脑心肌炎病毒)诱导的死亡更加敏感。研究表明锌指蛋白ZCCHC3作为一个新的RLR介导的天然抗病毒免疫反应的一个关键组分,可以两种不同的机制促进RIG-I和MDA5的激活,一方面,ZCCHC3可以结合病毒的RNA,与RIG-I和MDA5存在相互作用,并促进了RIG-I和MDA5对病毒RNA的结合,另一方面,ZCCHC3可以促进TRIM25对RIG-I和MDA5 CARD结构域介导的K63连接的多聚泛素化和激活。

★ 推荐理由:锌指蛋白ZCCHC3可以作为RIG-I和MDA5的正调控因子介导天然抗病毒免疫反应,这一重要发现为RNA病毒感染引发的相关疾病的防治提供了理论依据和潜在的分子靶标,具有十分重要的意义。

12. 原来早期断奶仔猪肠道健康也需要关爱

华中农业大学农业微生物学晏向华课题组

A Microbiota-Derived Bacteriocin Targets the Host to Confer Diarrhea Resistance in Early-Weaned Piglets

基本信息

物种:猪
发表文献:Cell Host & Microbe
抗体应用:WB
Pubmed ID: 30543777

ABclonal产品:SLC5A1(货号A3126)、DRA (货号A6741)

晏向华课题组通过将健康的从江香猪(我国贵州省特有的地方猪种,具有肉嫩味美、抗病力强、耐粗饲等特点)粪便微生物移植到长×大二元杂交仔猪肠道内,研究发现可显著降低仔猪早期断奶腹泻发生率,与此同时,仔猪粪便微生物区系发生显著变化,即长×大二元杂交仔猪粪便微生物多样性、物种组成、基因功能等均向从江香猪仔猪的粪便微生物区系转变。课题组通过不断比较粪便菌液灌服组和生理盐水灌服组仔猪粪便微生物的相对丰度,筛选出5种与腹泻抗性相关的关键候选微生物(L. frumenti、L. gasseri LA39、B. pullicaecorum、E. hallii、B. hansenii)。动物实验结果表明其中微生物L. gasseri LA39和L. frumenti抗腹泻功能较为显著。进一步分析表明微生物L. gasseri LA39和L. frumenti介导的腹泻抗性依赖于其分泌的gassericin A细菌素。通过组织水平和细胞水平的免疫荧光实验发现gassericin A可结合在猪肠上皮细胞质膜上。Co-IP等功能实验进一步证实gassericin A结合在肠上皮细胞质膜依赖于宿主KRT19蛋白,并激活胞内mTOR介导的磷酸二酯酶活性,导致cAMP和cGMP水平降低,继而使得肠液吸收相关蛋白以及肠液分泌相关蛋白分别出现表达上调和下调,从而降低早期断奶仔猪腹泻发生率。该研究发现了微生物来源的细菌素可通过靶向宿主肠道起到抗腹泻的效果,为实施肠道菌群干预改善仔猪肠道健康提供新思路与重要资料。

★ 推荐理由:阐明早期断奶仔猪抗腹泻作用机制,为实施肠道菌群干预改善仔猪肠道健康提供新思路与重要资料,对集约化养猪生产具有重要意义。

13. 科学家首次绘制小鼠精子发生过程的转录组精细图谱

中科院生化细胞所童明汉课题组、李劲松课题组与北京大学汤富酬课题组

Single-cell RNA-seq uncovers dynamic processes and critical regulators in mouse spermatogenesis

基本信息

物种:小鼠
发表文献:Cell research
抗体应用: IF
Pubmed ID: 30061742

ABclonal产品:SOX30(货号A11759)

研究人员开创性地将精子发生同步化方法与生殖细胞特异性荧光标记相结合,分离并鉴定到20类处于精子发生不同时期的细胞类型,然后进行高精度单细胞转录组测序,基因表达数目结果显示,在整个精子发生过程中,生精细胞需要调动基因组近90%的蛋白质编码基因的表达,各阶段生精细胞转录水平存在明显的动态变化;研究人员进一步筛选、验证了精子不同发育阶段的关键调控因子,发现Sox30基因敲除阻碍了小鼠精子细胞的发育;通过流式细胞分选实验证实了第1~2步圆形精子相较于第7~8步圆形精子受精产生的胚胎具有较低的发育潜能;通过单细胞RNA-seq测序,发现可变剪接事件在各阶段生精细胞内的分布情况与基因表达数目的动态变化极为相似,并系统地总结了精子发生过程中RNA可变的动态变化、减数分裂性染色体失活(MSCI)等多种关键生物学事件的核心规律。

★ 推荐理由:开创性地将精子发生同步化方法与生殖细胞特异性荧光标记相结合,建立了分离获取高纯度的、均一的、处于不同发育阶段的任意类型的小鼠生精细胞的实验体系,应用单细胞转录组测序的方法,绘制了小鼠精子发生过程的转录组精细图谱。