不同的蛋白质即使是相同分子量，也会因为其氨基酸组成的不同而在SDS-PAGE电泳的时候出现差异。且预染的蛋白Marker因为加了染料对大小的指示也会有影响，其在指示蛋白大小的时候只能作为一个参考，不能作为绝对的标准。所以拿一家的产品作为绝对指示标准去衡量另一家的产品也是不客观的。

不会。 一般情形的清洗不会将膜上的Marker洗掉的。

一般情况下，小分子量蛋白Marker容易跑出凝胶，可以适当增加胶浓度或减少电泳时间。另外如果有条件可以选择梯度胶，能跑出比较好的条带。

建议点样时将蛋白Marker 放在泳道中间。如在凝胶两侧泳道，由于边缘效应，离子强度不匀等，均会导致带型变宽或弯曲。凝胶配制不匀，凝胶内存有气泡。

电压过高或电泳时间过长，产热过多导致电泳缓冲液温度升高，蛋白降级。

电泳缓冲液陈旧，建议使用新鲜的电泳缓冲液，为了获得理想的结果建议在使用前将缓冲液预冷。

分离胶的浓度偏低，建议使用合适的胶浓度。

SDS-PAGE凝胶放置时间过长，建议使用新配制的凝胶电泳。

浓缩胶配制有问题或胶孔堵塞。

大多为胶浓度不合适，要在推荐的凝胶浓度范围内使用。此外，比较陈旧的凝胶和缓冲液也会造成电泳效果不好。

转膜时凝胶和膜没有贴紧，导致条带在转膜过程中丢失或变浅。

转膜条带不合适，导致蛋白没有从凝胶转移到膜上或从膜上转移到滤纸上。

蛋白Marker被蛋白酶污染，造成大分子量Marker降解。蛋白酶污染的典型结果是从大分子开始降解。蛋白酶污染可能来自于重复使用的缓冲液或10X储存液、未灭菌tip、重复使用的吸头。

另一个较小的可能原因是凝胶或电泳缓冲液成分偏差，从而导致电泳过程大分子蛋白消失。