来源于噬菌体P1，Cre重组酶识别34bp的loxP位点。当两个loxP位点方向相同时，Cre介导其间的DNA序列发生切除；方向相反则导致倒位。该系统可实现在特定细胞类型（如通过特定启动子驱动Cre表达）中条件性敲除、激活或报告基因表达，是构建基因修饰小鼠模型和进行谱系追踪的核心工具。DIO由两对互不相容的Lox序列组成，DIO元件中目的基因反向， Cre 酶存在时则目的基因表达，DO元件中目的基因正向， Cre 酶存在时则目的基因不表达。

来源于酿酒酵母，Flp重组酶识别FRT位点，工作原理与Cre-loxP类似。fDIO由两对互不相容的FRT序列组成，特异性更强。