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组分名称 | 组分编号 | 规格-1 100 RX | 规格-2 500 RXN |
HS Taq DNA Polymerase | RM29908 | 100 μL | 500 μL |
4X qPCR Probe Buffer | RM21210 | 500 μL | 2 × 1.25 mL |
Q1:基因分型失败
首先确认PCR扩增是否成功,建议在PCR扩增完成后对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测,确认目标产物是否扩增成功及是否存在非特异性扩增产物。目标产物的特异性高效扩增是基因分型准确性的前提,扩增失败或者非特异性扩增都会导致基因分型失败或分型结果不可靠。一般来说,本实验中PCR扩增是否成功是由PCR引物和DNA样本质量决定的,引物设计不合理、引物降解、DNA样本存在抑制剂、DNA样本浓度太低或降解是常见问题,应该优先排查和解决。
Q2:引物设计
推荐使用Primer 3(https://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)进行基因分型引物设计(参数设置:扩增子大小为70~150 bp,引物长度为18~28 nt,引物Tm值为60~62℃);完成引物设计后,正向引物5'末端需要加入检测探针序列,检测探针序列信息:5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'(FAM),5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'(HEX);引物合成时,推荐引物纯化方式为PAGE或HPLC,以获得高纯度PCR引物,提高PCR特异性。
Q3:DNA样本存在PCR抑制剂
本产品适用于各种反应体积下的溶液DNA与烘干DNA样本检测。对于DNA溶液,应尽量避免含有EDTA等抑制PCR成分。一般情况下,使用粗提DNA样本即可,如存在PCR抑制剂,建议用H2O稀释3~5倍后使用。稀释后仍无法扩增的DNA样本,建议纯化或重提DNA。
Q4:DNA样本浓度太低或降解
使用Nanodrop或Qubit检测DNA样本浓度,推荐使用浓度>5 ng/μL的DNA样本;为了获得最佳实验结果,应确保各反应中DNA样本投入量相对一致,每个反应中投入5~100 ng DNA即可。
Q5:DNA样本数量太少或基因型单一
建议每次基因分型DNA样本数量>20个,反应DNA样本数量太少,反应DNA样本基因型单一或遗传背景相似,都易导致无法获得3种不同基因型(AA,Aa,aa)而使基因分型失败。
Q6:反应体系蒸发
FASA基因分型系统对信号均一性要求高,推荐用纯净液体石蜡油密封反应体系,防止体系蒸发影响分型结果。建议在5 μL反应体系中加入5 μL液体石蜡油密封,10 μL反应体系中加入10 μL液体石蜡油密封。
Q7:反应存在污染
应避免实验环境及操作带来污染,建立NTC排查反应污染。