查找适合 ChIP 实验的抗体非常重要。 没有抗体适合于所有应用，需要确保抗体适用于 ChIP，并且对于靶标具有特异性。 需要考虑的方面如下：
如果抗体已经是 ChIP/ChIP-seq级别 ，可以根据生产商的产品指南或已发表的参考资料来指导实验。 但在某些情况下，研究的靶标可能尚未经过 ChIP 实验验证。如果抗体经过免疫沉淀 (IP) 验证，则极有可能适用于 ChIP。 其他要求抗体识别天然状态抗原的方法也可以作为参考，例如免疫荧光 (IF)，免疫细胞化学 (ICC) 和免疫组织化学 (IHC)。
如果抗体未经过 ChIP 验证，ChIP-Western Blot 可以作为很好的参考。 ChIP-Western Blot 不仅可以确保抗体能够沉淀目标蛋白质，还可提供其特异性信息。 ChIP-Western Blot 工作流程与包含 IP 步骤的 ChIP 相同，比较耗费人力，但 ChIP-Western Blot 可以与 ChIP 同时进行，从 IP 产物中取出一小部分进行 ChIP-Western Blot，剩下的可用于 ChIP。 取出来的一小部分，可以不需要洗脱 DNA，直接通过煮沸从磁珠上洗脱下蛋白质并进行Western Blot。 用相同靶标的抗体检测印迹以证明选择的抗体能识别目标蛋白的表位并能免疫沉淀目标蛋白质。
抗体的特异性越来越多被科研工作者关注，特别是在 ChIP-seq 中。ABclonal 抗体经过两步检测法： 功能性应用验证和靶向特异性验证。 功能性应用验证提供了抗体能否在 ChIP 中发挥作用的信息。 靶向特异性验证确保抗体能识别目标靶蛋白。 这些检测可以通过以下几种方法实现，包括使用敲除和敲低细胞系，处理改变目标靶蛋白表达水平的细胞，以及免疫沉淀 - 质谱法联用(IP-MS)。 ABclonal抗体已通过这些技术中的其中一项验证特异性，并在我们的网站上有高级验证徽章。
片段化染色质使其变得可溶，也决定了ChIP实验的分辨率。 理想的ChIP-qPCR片段大小为 200 -1000 bp,而ChIP-seq片段大小为200-500 bp。染色质片段化可以通过超声或酶解，根据细胞或不同需求选择合适的片段化方式十分重要。
超声处理通常用于染色质片段化，能够产生随机片段，可以用于难裂解的细胞。
微球菌核酸酶 (MNase) 可以消化未结合蛋白质的 DNA，通常用于核小体定位绘图。但是对于消化 DNA 有序列偏好。 酶不能有效地进入细胞，不适用于难裂解的细胞。
| 片段化方式 | 优点 | 缺点 |
|---|---|---|
| 超声处理 | 随机片段化；适合较难裂解的细胞类型 | 超声放热具有破坏目的蛋白抗原表位的可能；需要专门的超声仪器；不适用于非交联染色质免疫沉淀 |
| 酶解 | 更温和减少了对蛋白抗原表位的破坏；不需要仪器；适合非交联染色质的制备 | 酶对基因序列有选择性从而具有偏好性；不适用于一些较难裂解的细胞类型 |
判断ChIP 实验能否成功是极具挑战性的。 需要先确定 ChIP 中富集的区域（即蛋白质结合的 DNA 区域）和 ChIP 中不富集的区域（即蛋白质不结合的DNA 区域））。 确定好这些区域后，需要设计引物。 引物应扩增 100 至 150bp 的区域，扩增效率为 90％ —— 105％。
如果不知道蛋白质的结合位点，进行 ChIP-seq 可以了解有关您的目标蛋白质的更多信息。 为了确保 ChIP 实验有效，可以比较使用和不用抗体时沉淀的 DNA 数量，抗体存在时 DNA 数量明显较多。 此外，ChIP-western blot可以确保抗体沉淀出靶标蛋白的表位。
