ABclonal开发了ChIP-seq全流程解决相关产品，其中包括ChIP试剂盒 、ChIP/ChIP-seq级别的抗体、ChIP DNA 纯化试剂盒、ChIP DNA qPCR检测试剂、ChIP DNA文库构建试剂盒，可为研究者提供一体化的ChIP-seq实验解决方案。
Step 1
染色质制备
交联和片段化
Step 2
免疫沉淀
捕获并分离蛋白-DNA复物
Step 3
DNA制备
解交联和纯化DNA
Step 4
定量DNA
检测富集效率
Step 5
NGS建库
全基因范围鉴定结合位点
交联是为了固定蛋白质-DNA相互作用，通常采用甲醛交联，加入甘氨酸终止反应，可以高温解交联。一些非常稳定的蛋白质-DNA相互作用则不需要交联，如组蛋白及修饰。使用裂解液破坏细胞膜，抽提细胞核，再裂解释放细胞核中的染色质，去除细胞质蛋白以减少背景信号并增加灵敏度。
染色质片段化是获得良好ChIP分辨率的关键因素，片段化是最难控制的步骤之一。可以通过超声或酶促消化实现片段化，各有利弊。超声需要较多的手动操作时间，适合难以裂解的样本；酶促消化适合大量样本的处理，但其片段化位点是随机的。需要根据具体样本选择不同的片段化方法。
注意：此时可以暂停ChIP实验，经过超声/酶消化的染色质样本可以保存于-80℃，避免反复冻融。
抗体的选择是ChIP-seq实验成功的关键因素。 优先选择ChIP/ChIP-seq级别的抗体。在某些情况下，您的靶标可能尚未经过 ChIP 实验验证。如果抗体经过免疫沉淀 (IP) 验证，则极有可能适用于 ChIP。 其他要求抗体识别天然状态抗原的方法也可以作为参考，例如免疫荧光 (IF)，免疫细胞化学 (ICC) 和免疫组织化学 (IHC)。如果针对某些靶标没有可用的抗体，则可以在样品中表达融合亲和标签（HA,Myc,His等）的靶标蛋白，然后使用针对亲和标签的抗体进行免疫沉淀。使用磁珠结合抗体获得抗体-蛋白质-DNA复合物，充分洗涤磁珠-抗体-蛋白质-DNA复合物，纯化并洗脱蛋白质-DNA复合物。
含有目标蛋白质的染色质片段已分离，需要解交联并纯化 DNA。 解交联通常采用加热孵育和蛋白酶K消化来完成。为了获得更纯的 DNA 样品，建议使用 RNase A 进行处理。 可使用纯化柱进行 DNA 纯化。
注意： 此时可以暂停ChIP。 经过解交联和纯化后的 DNA 样品可以储存于 -20°C 。
在该步骤中，通过 qPCR 定量纯化的 DNA 产物，可以确定目标蛋白是否存在于特定位点。 SYBR green 荧光染料是使用最广泛的qPCR 化合物。SYBR green 只有在与双链 DNA (dsDNA) 结合时才发出荧光，荧光强度与 dsDNA 量成正比。 据此您可以定量 DNA 在某些目标区域的富集程度。
如果您想了解目标蛋白在整个基因组中的结合位点，那么需要进行NGS建库测序。细胞核内染色质交叠、凝聚，可能会覆盖住大量目标结合位点，导致ChIP富集到的组蛋白结合DNA总量都在ng级别，转录因子往往更少，极大的影响了ChIP-seq建库成功率。根据您ChIP 实验获得的DNA总量可选择相关的建库试剂盒，提高建库成功率。
